Здравствуйте.
Конечно, идеальный вариант - обойтись одной разметкой и для десктопа, и для мобильных устройств. Но в ряде случаев это невозможно.
Тут встаёт выбор, чем нам пожертвовать:
- можно принести на алтарь скорость разработки, сложность дальнейшей поддержки и UX, с помощью JS отслеживая размер экрана и на лету перестраивая шапку из одной разметки в другую;
- Поисковики довольны - есть один контент;
- Пользователи не очень довольны - они эти перестроения могут заметить, либо дольше ждут загрузки;
- Разработчики очень недовольны (особенно когда год спустя клиент приходит и говорит "а давайте сюда вот добавим вот такой блок" и надо вспомнить логику всех этих хитрых переставлений).
- можно пожертвовать потенциальным удобством поисковиков и сделать полный дубль блока для мобильных устройств.
- Поисковики, вероятно, смотрят с недоверием;
- Пользователи довольны - никаких перестроений на лету они не видят;
- Разработчики довольны - получается структура, которую легко можно понять и поддерживать.
Какой эффект это оказывает на СЕО? Какой-то, вероятно, оказывает, но практически нулевой.
На сайтах часто отображают логотип дважды - в шапке и в подвале. Также меню дублируют. И телефоны. И ещё бывает повторяющийся контент. И ничего, нормально продвигается.
Логика подсказывает, что дубли контента на странице не очень радуют поисковые системы.
Практика отвечает, что
всем насрать это ни на что не влияет и нужно сосредоточиться на более важных вещах.
Делайте как вам и пользователям удобнее, у поисковиков есть проблемы гораздо более серьёзные, чем дважды повторённый логотип в соседних блоках.