Так Вы файл KM_TWAIN1.ini видимо рядом с батником в папку "StartUp" положили? Вот он и "выполняется", он же в автозагрузке! Храните его где-нибудь в другом месте, а в батнике пропишите полный путь к нему.
Сделайте это, чтобы он не открывался, а потом уж посмотрите - почему не копируется. В самой строчке ничего криминального нет. Может там при копировании запрос какой выдаётся, на перезапись файла например?
Либо preseed, либо оркестрация.
Всего для шести штук и маловероятного повторения я бы предложил первое.
Клонировать машинки, если они потом будут в одной сети, я бы поостерегся.
Руководства по preseed часто включают манипуляции с образом, на самом деле это не требуется. Достаточно загрузиться со штатного образа, выйти из grub в консоль (ESC) и набрать auto url={ путь к доступному по http preseed-файлу }
P.S. Судя по уточнениям, машины все-таки остаются в активной поддержке и регулярном обновлении. Тогда оркестрация, конечно.
Если вас не путает проприетарное ПО — рекомендую thinlinc. Работает быстро, пробрасывает звук и USB-устройства, бесплатен для <=5 пользователей. Это один из лучших полноценных вариантов.