Расположил батник в "C:\ProgramData\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\StartUp"
и файл, который он должен скопировать при авторизации в windows. Вместо копирования файл просто открывается. Содержимое батника:
copy KM_TWAIN1.ini %USERPROFILE%\AppData\Roaming\Kyocera\KM_TWAIN