Microsoft SQL Server,
это СУБД, т.е. движок, который хранит данные, обрабатывает SQL запросы и выдает данные
MySQL workbench
Это инструмент создания SQL запросов в графическом user friendly виде
и phpMyAdmin
Это система
администрирования базы данных, которая позволяет управлять пользователями, а также позволяет управлять таблицами и создавать SQL запросы посредством web интерфейса.
Одним из принципиальных отличии является то, что phpmyadmin работает на сервере как localhost, в то время как workbench работает как удаленный клиент...