О тему управления проектами уже немало пик было сломано и много книг было написано -- достаточно немного поискать и информации найдете предостаточно. Система контроля версий -- это инструмент в первую очередь для разработчиков, и он предназначен для сохранения и просмотра истории изменения исходных файлов программ.
Для вашего же случая, я бы порекомендовал воспользоваться каким-нибудь трекером задач, например
youtrack(очень мощная система и бесплатна, если у Вас меньше 10 пользователей). А уже в этом трекере задач вы ставите разработчикам задания, они указывают затраченное время и что было сделано. Ну а вы по этим данным уже делаете выводы.