Журнал загрузки хранится в /var/log/boot.log. Также стоит проверить записи в syslog. К сожалению, не могу посоветовать какую-то стратегию, кроме разве что "смотреть логи на предмет ошибок" > "локализовать ошибку" > найти решение ))

ymaps.ready(init);

function init() {
    var center = [56.136, 40.390];
    var myMap1 = new ymaps.Map('map1', {
        center: center,
        zoom: 10
    });
    var myMap2 = new ymaps.Map('map2', {
        center: center,
        zoom: 10
    });
    var myPlacemark1 = new ymaps.Placemark(center, {
        // Свойства.
        // Содержимое иконки, балуна и хинта.
        iconContent: '1',
        balloonContent: 'Балун',
        hintContent: 'Стандартный значок метки'
    }, {
        // Опции.
        // Стандартная фиолетовая иконка.
        preset: 'twirl#violetIcon'
    });
    var myPlacemark2 = new ymaps.Placemark(center, {
        // Свойства.
        // Содержимое иконки, балуна и хинта.
        iconContent: '2',
        balloonContent: 'Балун',
        hintContent: 'Стандартный значок метки'
    }, {
        // Опции.
        // Стандартная фиолетовая иконка.
        preset: 'twirl#violetIcon'
    });
    myMap1.geoObjects.add(myPlacemark1);
    myMap2.geoObjects.add(myPlacemark2);
}