WinRar работает иначе. Там берется статичный SFX-Stub (собственно основной статичный .exe идущий в комплекте архиватора, который умеет читать конфиг в конце собственного файла и распаковывать архив идущий за конфигом) к которому "приклеивается" файл конфигурации (буквально дописывается к концу файла), который и содержит необходимые заголовки, пути и т.д., а к нему "приклеивается" rar архив.
C# имеет функцию
компиляции исходного кода на лету.
Тут не совсем понятна задача, что и для чего вам это нужно.