DorF LorS, сертификат бесплатный, Let's Encrypt? У низ 30 сентября (вчера) один из корневых сертификатов истёк, поэтому на некоторых сайтах/некоторых компах может показываться как не валидный. Но вроде как новые системы не должны были заметить этой проблемы.
А сайт скачиваемые материалы распространял\размещал? Был взломан и как следствие, сейчас имеет вредоносные скрипты? Если да, то все просто! Сайт попал в черный список поисковой системы. В этом случае, плевать на сертификат!