Adamos

Пакет жестко привязан к версии РНР.

sudo pecl install https://pecl.php.net/get/ssh2-0.13.tgz

А зачем между debian и chromium какие-то прослойки в киоске?
Chromium спокойно сам запускается вместо DE, в полный экран - и киоск получается ipso facto, поскольку выйти из него некуда.

есть графическое приложения, которому нужны права для изменения пары системных конфигов в /etc/;

Желательно решить именно эту проблему. Какого черта какому бы то ни было "графическому приложению" понадобилось писать в /etc/? Ему тут винда, что ли?

Меняйте самба-сервер на офис-сервер. От OnlyOffice, например.
Или просто пользуйтесь облаком от Яндекса или Гугля, они предоставляют возможности совместного редактирования документов.

Если бы у вас была такая же работа, как у него - вы бы подобных вопросов не задавали вовсе.
А раз задаете, значит, работа у вас другая и выбор дистрибутива под нее - тоже по другим критериям.

Имхо, вы мешаете мух с котлетами.
Бэкап пользовательских файлов - это таки бэкап, и только. Здесь он вообще ни при чем.
А установленные программы с их конфигами проще всего клонировать превентивно. То есть изначально устанавливать и настраивать их через систему, позволяющую повторить те же установки и настройки произвольное количество раз. Ansible, например.
А делая копирование методом "ногой в дверь", вы скорее добьетесь того, что диск не смонтируется из-за смены UUID, сеть не поднимется и т.п.

1. По умолчанию используется системный переключатель раскладки, не зависящий от DE в принципе. Я бы сказал "и это хорошо", но вы, если угодно, можете вывесить на панель апплет "индикатор раскладки", в нем вроде бы есть возможность разделить раскладки по окошкам. Ну, и нагляднее будет для непривычного к ScrollLock индикатору.
2. Нажмите Ctrl-H и не делайте людям и себе голову. Чем вам уперся именно каталог пользователя? Хотите себе аккуратно чистый каталог - создайте его в каталоге пользователя и пользуйтесь им. В /home/user заглядывать вообще необязательно.
3. Тут есть специальная магия - F6 в браузере и Ctrl-L в файловом менеджере. Кстати, в Xfce одно из слабых мест - это как раз Thunar. Раньше заменял его Nautilus, сейчас - PCManFM. Две панели и некоторые приятные мелочи.
4. Насколько я понимаю, ваша "загадочная причина" называется стандартом. Хотите от нумпада горячих клавиш - в вашем распоряжении Ctrl, Alt и Super, а также их сочетания, в том числе и с Shift.
5. Тут не подскажу, никогда не пользовался мультибуфером. Если что-то надо действительно держать записанным - есть апплет Notes.

Нестабильная ветка Дебиан - это то, что работает, но недостаточно проверено для того, чтобы настроить сервер и спокойно забыть про него на год.
Для десктопа это совершенно чрезмерная, реально не востребованная стабильность.
Ну, а, выпустив серверную Убунту, Каноникал пытается дотянуть ее стабильность самостоятельно, не дожидаясь Дебиана, полирующего свой дистрибутив годами. Это вполне посильная задача, так как ниша серверной Убунты заметно поуже и лишена всякой экзотики типа маргинальных платформ и немассового оборудования.

Поставьте на папки всех пользователей 700, проблемы-то...

Устанавливать что-то из исходников, конечно, имеет смысл, только если этого нет в пакетах.
Обычно это погоня за более свежей версией.
Но, гоняясь за более свежей версией при разработке, провоцируешь проблемы при развертывании / распространении результата (если у тебя не было пакетов, их может не быть и на боевом сервере / у пользователей).
Смысл затеи при этом несколько теряется...
Ну, а если нужны свежайшие версии каких-то инструментов, то логичнее сидеть на тестовой версии системы, где такие пакеты появляются сразу после кое-какого тестирования. А не превращать стабильную систему в захламленную экспериментами.

Новая версия Apache2 из репозиториев вполне может захотеть новую версию glibc, а та - новую версию ядра. Так вы неизбежно превратите систему в unstable. Проще тогда Ubuntu Server и ставить - там хотя бы зафиксированы более-менее обкатанные версии пакетов.

А самый свежак на сервере иметь совсем не стоит, вы эти виндовские привычки бросьте. Если ваш сервер вам сколько-нибудь дорог, вряд ли вы хотите предоставить его для бета-тестинга того же Апача.

Лучше СМОТРЕТЬСЯ будет Убунту. Там Юнити и нескучные обои.
В Дебиане по умолчанию крыса, насколько я помню - у нее обои унылые.

А что, вы кому-то собрались ПОКАЗЫВАТЬ свой сервер, что для вас этот вопрос важнее, чем простота развертывания и стабильность?

Обычно есть два репозитория - один с бинарниками, другой с исходниками.
Не верите майнтейнерам - компилите сами, кто ж вам мешает.
Не верите заодно и автору - читайте код, он открыт.
Кто угодно может проверить, собрать все самостоятельно и убедиться в аутентичности или заметить подлог.
Поэтому обычно майнтейнерам можно доверять...

Можете спросить себя, какая у вас защита от бэкдора в проприетарном софте, который вам предоставляется в бинарном виде в аренду на условиях лицензии. Так, для сравнения.

Я бы в такой ситуации вошел под гостем, нажал Ctrl-Alt-F1, вошел под пользователем и убедился, что в консоли она работает, а значит, косяк в Unity.
Дальше на выбор - либо пытаться настроить Unity, либо поставить нечто не кастрированное в плане настройки (XFCE, например). Либо создать нового пользователя - может, под ним настройки будут не сломанными. В общем, есть варианты...