Технически: применительно к git как-то недавно на хабре была статья, где человек демонстрировал, как в его проекте участвует сам Линус Торвальдс и другие известные личности. Но на самом деле, это просто подделка, с указанием их e-mail. Чтобы такого не было, нужно перейти на использование подписей. Сертификаты, всё такое. У каждого свой, и желательно, usb-ключ, чтобы нельзя было передать учётные данные без передачи ключа и пин-кода. Удалёнщики не станут с ключами бегать друг к другу, скорее всего.
Организационно: это нужно организовать работу так, чтобы сверх определённых часов не было смысла работать. Вот у нас (правда, не программисты) на работе в KPI прописан параметр "загруженность", и его (как и множество других) периодически руководство немного меняет, в зависимости от ситуации, обычно раз в квартал. И вот, например, прописано что нужно набрать минимум 85% для полной премии (выполнение всех KPI высчитывается по формуле и напрямую влияет на премию). И получается, что если уже высокая загрузка в течение месяца (но контролируют также и недельную, и т.д.), то просто нет смысла в перевыполнении и лишней нагрузке (не откладывай на завтра то, что можно сделать послезавтра).
У вас останется только задача определить те параметры, и их величины, которые устроят компанию, и не дадут излишней утомляемости работникам. Им самим не захочется слишком много работать, если за это всё равно не заплатят больше (если есть лимит).
С другой стороны, если работник чувствует, что он может работать и 12-16 часов в сутки, и может так работать, то какая разница? Иначе, если он всё-таки психанёт или просто устанет работать - значит, он недостаточно сообразительный, и не понимает опасности в таком режиме работы.
Не из разработки, а из сферы ремонта электроники: я как-то в подобном режиме работал - днём на одной работе, с 8 до 17 часов, а потом с 20 до 24 ещё на второй. И так в пике получалось почти два месяца - я реально устал в таком режиме, хорошо, что поток железа стал меньше, и я вечером стал не каждый день выходить, или всего на час-два. Сейчас бы уже в таком режиме не стал работать добровольно.