Во-вторых, конфиг для wget можно указать явно через опцию --config. Так что можно выбрать даже два варианта для запуска: или прописать все нужные опции в нужном файле конфига или указать в явном виде в команде запуска.
В Debian (и клонах) есть специальный пользователь, с настройками в /etc/mysql/debian.cnf. Можно им воспользоваться для установки пароля любому пользователю.