AVKor

После создания и перезапуска сервера или FLUSH PRIVILEGES;

Любой, если это будет Debian.

Непонятно, в чём проблема. Создаёте список нужных файлов с их контрольными суммами и делаете проверку при загрузке. Проверка будет занимать от нескольких секунд времени (если список короткий) до, наверно, нескольких часов (если длинный).

Во-первых, вот на использовании в командах несколько раз:
date +"%d-%m-%Y"
может произойти облом.
Во-вторых, в тексте ошибки всё написано:

"cannot remove '/var/local/databases-backups/ps-11-10-2017.zip'$'\r': No such file or directory"

Такого файла:

/var/local/databases-backups/ps-11-10-2017.zip'$'\r'

нет, есть, надо полагать, такой: /var/local/databases-backups/ps-11-10-2017.zip.

apt-cdrom add

С помощью команды dd.
dd if=<флешка> of=<файл на HDD>

Gparted. Раздел должен быть размонтирован.

На фрилансе.

Нет.

Перефразируя Генри Форда: любой, если это будет Debian.

Тут

Debian.

Фотошопа на Linux нет.

Пора забыть про VNC

Школьные учебники, начиная с учебников для начальной школы.

В англо-русском словаре Мюллера (есть, наверно, в любом дистрибутиве Linux).