На линуксе это просто:
iconv -f cp1251 -t utf-8 < file-1251.sql > file-utf8.sql
Если данные уже в СУБД, то нужно:
1. сделать резервную копию в файл,
2. переконвертировать файл командой выше,
3. настроить сервер на новую кодировку,
4. Восстановить с переконвертированного файла.