В x86 процессоре нет ПЗУ, он каждый раз при запуске шьется заново, из BIOS. Но на заводе он все равно немного "прошивается" - прожигаются электронные фьюзы, где будет сконфигурировано CPUID, количество ядер, и многое другое. Всё это прошивается через отладочные интерфейсы, например, JTAG.
Микроконтроллеры с ПЗУ шьются прошивкой тоже через JTAG или UART.