Есть специфические проблемы, связанные с проводником, есть специфические проблемы, связанные с ntfs. Чтобы столкнуться с первыми - не надо глубоко копать, чтобы их решить - достаточно использовать что угодно, кроме проводника. Со вторыми столкнуться довольно трудно - надо хорошо постараться и должно очень "повезти", а решаются они плясками с бубном.
В общем, попробуйте удалить файлы через cmd/powershell/total commander какой-нибудь. Для начала.