Жесткий диск это механика, любая механика при работе изнашивается.
Ресурс парковки головок ограничен, поэтому слишком часто парковать их не стоит.
Парковку я бы поставил побольше - минут 10-20самое оптимально.
Если да, то на что могут намекать щелчки?
Да на что угодно, на что фантазии хватит.
Любой жесткий диск работает не бесшумно. Некоторые больше шумят, некоторые меньше, поэтому щелчки это в принципе нормальные звуки исправного диска.
Чего ждать от диска теперь
Да вроде все в порядке с диском.
второй (ближайший к концу диска) раздел проверялся с паузами и затыками и повышенным шумом от диска
Логично. Раздел большой, куча мелких файлов, расположен в конце диска- соответственно чтение будет идти заметно медленней и с более частым перемещением головок.