Не нужно, один и тот же человек может быть одновременно "самозанятым" и ИП, а ещё наёмным сотрудником в какой-либо компании и тд, это разрешается. Разница только в том, какие движения денег и где будут, есть нюансы.
Соответственно, если Вам платят по ГПХ то так же дальше и будут платить, если оно устраивает обе стороны. Если интереснее ИП, то необходимо будет заключить договор с ИП и будет уже иная логика расчётов. Но при этом Вы можете оставаться "самозанятым" и продолжать сотрудничество с кем-либо от своего лица.