Я высылал трудовую заказным письмом, сразу выбирайте 1-ый класс, чтобы дошло быстрее и не было проблем. Остальные документы — ксерокопии, приложенные в этом же письме (скан паспорта, ИНН, может было что-то ещё).
Остальные документы (договор, соглашения и проч.) распечатываешь, подписываешь и сканируешь, отправляешь.
За всё время работы проблем с документами не возникало. Какие-то изменения в договоре подписывались точно таким же образом.