Но вот при этом, как я предполагаю, они будут иметь один и тот же ip адрес.
ДА. Будут иметь один и тот же ip адрес. Кроме очень уникального и продвинутого хостинга. Кроме вас на этом ip будут и другие сайты, если вы не купите у провайдера отдельный ip.
Вопрос в том, как поисковик при индексации будет реагировать на эти сайты? Не будет ли он воспринимать их как единое целое и тем самым занижать в выдаче?
Индексация обычно идет по доменному имени.
Это основывается на принципе работы веб-серверов. Запрос от клиента приходит на ip адрес в теле которого указано какую страницу надо получить. Например, www.domen.ru/test/index.html. Веб-сервер видит что запрашивают www.domen.ru обращается к корневой папки сайта и запрашивает файл /test/index.html.
Для каждого сайта будет создана своя корневая директория.
И не забываем что для сайтов надо регистрировать разные доменные имена.