Вам нужен просто файл виртуального диска в формате vhd насколько я понял?
Disk2vhd
Просто указываете нужный диск подключенный по iscsi - и утилита делает VHD файл.
После чего отключаете отмонтируете iscsi диск, и монтируете VHD файл в виртуальную машину.
Если диск не системный - все операции можно выполнить прямо в виртуальной машине.
Если загрузочный - в панели управления hyper-v меняются настройки виртуальной машины.