Если не планируете переносить на другие машины, выбирайте родной формат - VDI
VMDK - это формат WMware, если вдруг планируете переехать в будущем - самое то. Формат хорошо поддерживается, примерно как и нативный.
VHD - совместим с HyperV, но чуть медленнее VDI.
Про остальные не знаю.