Согласен с теми, кто предлагает в вашем случае контролировать не процесс, а результат.
Дополню конкретным подходом, испытанным с удаленными работниками (краткая основа):
1) Устанавливаете испытательный срок и пониженную почасовую ставку на этот период. Это обычная практика для найма.
2) Каждой задаче даете оценку объема работ. Желательно, чтобы все оценки делал один человек. Сотрудник должен знать оценки.
3) В течение месяца вы просто рассчитываете соотношение плановых трудозатрат к фактическим, заявленным сотрудником. Получаете коэффициент, который для каждого сотрудника будет свой. Обычно он меньше 100%. Выбираете для вашей компании значения: минимально приемлемое (ниже которого - увольнение) и отличное (выше которого можно дополнительно премировать).
4) В зависимости от коэффициента принимаете решение о повышении или не повышении ставки. Растет коэффициент - растет ставка. Влияние этого фактора нужно оговорить с сотрудником при найме, когда обсуждаете условия повышения. Если он не согласен - лучше сразу не брать.
При таком подходе для вас не имеет значение какие причины влияют на эффективноть сотрудника. Так же не имеет значения преувеличивает ли сотрудник свои трудозатраты, т.к. в этом случае снижается его показатель и ставка.
NB: Этот показатель учитывает только стоимость и косвенно сроки. Нужно учитывать еще, как минимум, показатель качества. Это - основа. Всех деталей в двух словах не опишешь. Если есть вопросы, пишите в личку, подскажу как настроить. Есть даже готовые скрипты для выгрузки и автоматического расчета из Redmine.
NB1: Можно управлять и без цифр, на уровне "нравится, не нравится". Но с цифрами будет меньше ошибочных решений, больше прозрачности и оценка сотрудником своей ценности не расходится с вашей.