Как происходит защита прав владельца шрифта?
Истец в суде доказывает факт незаконного использования объекта авторских прав. Предъявляя суду собранные доказательства. Ответчик в свою очередь доказывает обратное.
На что он ссылается доказывая что шрифт ЕГО?
На любые факты, которые по ЕГО мнению подтверждают наличие у него исключительных прав. Документы, заключения экспертов, показания свидетелей, газетные вырезки, фотографии экрана компьютера - да что угодно.
Если его шрифт на 99% совпадает с той же Хельветикой?
И это тоже можно использовать как аргумент в суде, если конечно сможете точно обосновать почему именно на 99% и как вы это подсчитали.
А в итоге суд изучив предоставленные доказательства, решит кто в данном конкретном случае прав.
Поэтому
OnYourLips дал вам совершенно правильный ответ - в суде.