При клонировании в рабочий каталог распаковывается не ветка master, а текущая ветка.
Единственный способ изменить это поведение – при клонировании указать какая конкретно ветка вам нужна. git clone --branch <branchname> <remote-repo-url>
Либо вообще ничего не распаковывать сразу. Распаковывать можно позже. git clone --no-checkout <remote-repo-url>