Вам вовсе не нужно делать Pull перед созданием веток — достаточно обычного Fetch.
Ветки стоит создавать не от локальных копий, а сразу от origin/main — тогда и Pull не понадобится.
К сожалению, в Eclipse всё по-прежнему печально с поддержкой Git.
Я бы советовал использовать нормальный Git-клиент хотя бы для работы с ветками.
Лучший вариант — любая IDE от JetBrains с плагином GitToolBox: он автоматически делает fetch каждые несколько минут, и вы всегда видите актуальное состояние ветки, от которой создаёте свою.