Только сторонний скриптинг.
Всё, что умеет следить за файловой системой и генерировать событие на изменение файлов в ОС. При возникновении события нужно выполнить команду от определенного пользователя git commit в консольном режиме и записать комментарий.
Если нет следящего механизма под рукой, тогда выкручиваться периодическим запуском скрипта типа cron.
PS: Я бы не стал бы это реализовывать. Копаться в таком репозитории еще то удовольствие. Удобнее, когда коммиты осознано сделаны, и все изменения в файлах по делу. Еще лучше, когда они снабжены содержательным комментарием.