Правильнее merge.
Merge создаст новый коммит в котором объединит 2 ветки.
Rebase удалит все ваши коммиты из ветки, перенесет ветку в другое место и создаст новые коммиты с новым родителем.
Т.е. если чтото не так смержили при ребейзе выковыривать придется из удаленных. Плюсом ребейза считается более "красивая" картинка, по-факту это просто уничтожение истории, а сам факт уничтожения истории в системе контроля версий порождает вопрос, а зачем тогда вообще контроль версий?
Поэтому ребейз не применим, если вы не один пользуетесь веткой. А если один, то все на вашей совести. На практике, конечно не всегда все так катастрофично, поэтому есть предпочитающие ребейз. Специально ради таких вредителей основные ветки проекта делают защищенными от переписывания.
Есть редкие ситуации, когда ребейз предпочтительней, например вы мержите в ветку, но забыли сделать пулл, смысла этот смерженный коммит держать в параллельной ветке нет, лучше при таком мерже выбрать ребейз, т.к. такое переписывание истории будет только локальным.