Почему может уменьшаться скорость передачи?
Ну у вас там три явных причины может быть для этого.
1)Снижение скорости считывания на HDD с которого копируете.
2)Сеть.
3)Снижение скорости записи на HDD куда копируете.
Сеть - маловероятно, но в принципе при большой загрузке канала возможна.
Наиболее вероятен первый пункт.
Скорость чтения с диска зависит от того где расположены данные и что это за данные.
Для обычного среднестатистического HDD -
Если читается большой нефрагментированный файл - скорость будет порядка 150мб/с в начале диска и около 100мб/с в конце диска.
Если читается множество очень мелких файлов - скорость будет порядка 0,5мб/с -1мб/с
Примерно то же самое по записи.
Скорость которую вы видите в проводнике это усредненные значения, там еще и кэширование влияет.
В общем открывайте монитор ресурсов и смотрите загрузку дисков - какая очередь у диска.
Если очередь больше единицы - значит он просто не может читать быстрее.