У iptables есть действие REDIRECT, но оно работает только локально. Других способов изменить трафик у него нет, это маршрутизация и Вам нужно изучить работу iproute2.
Можно попробовать SNAT применять к трафику 53/udp, чтобы далее пакеты шли уже по новому маршруту. Но тут надо тестировать, может и не сработает.
Простой вариант: заблокировать проходящий трафик в цепочке FORWARD 53/udp, 53/tcp и поставить локально что-то вроде dnsmasq, и все запросы локальной сети им обрабатывать, а его настроить на работу через vpn.
Чтобы трафик до DNS-сервера с роутера шел через нужный интерфейс, нужно либо прописать статический маршрут, либо пользоваться
source policy routing.
Но статический маршрут должен хорошо в вашем случае работать. Например так:
ip route add 8.8.8.8 dev tun+
Логично предположить, что если клиенты локальной сети пользуются одним известным DNS-сервером и не будут его сами менять, то статический маршрут на роутере решит Вашу проблему.