В данном случае, скорее всего, руками. Но можно попробовать аддон F2, он в блендере есть, искать отдельно не надо.
Вот тут про него чуток показано -
https://www.youtube.com/watch?v=nU0tF6jP7YY
Вот тут как заливать вытянутые дырки -
https://youtu.be/ImSNOuvkKsw?t=89
Естественно, надо будет руками чуток править, ибо количество вершин не совпадает