Систему на SSD, радиатор на проц - здоровая башня типа Scythe Ninja, кулеры корпусные 120+ мм на проток (тогда и родной кулер процессора меньше напрягать можно будет). Корпус с шумкой взять, я вот себе взял Fractal Design Define R4 — не нарадуюсь. Блоки питания старые шли с довольно шумными вентиляторами, тоже поменять. HDD загнать либо в коробки типа SQD, будут сильнее греться, но тише жужжать, ну и заменить сами HDD на низкооборотные (а лучше комбинировать SSD + медленный HDD + быстрый HDD, и последний использовать только для регулярных бекапов).
Видевокарту выбрать с подходящей системой охлаждения (я не играю активно, так что не подскажу какая лучше — турбина или классика).
В современных компьютерах как правило главный источник шума это HDD и, мать его, стандартный интеловский боксовый кулер, который надо менять немедленно