А вы не рассматривали вариант использования готового сервера? Например:
Cluster Compute Instance на Amazon Web Services
( 2xNVIDIA Tesla M2050 «Fermi» GPUs., 2x quad-core Intel «Nehalem» X5570, 22 GB of RAM )
Оплата почасово: 2.10$ за час.
Достоинства — можно начать использовать прямо сейчас, масштабируется по мере необходимости.
Недостатки — цена ( по сравнению с собственным сервером )
aws.amazon.com/hpc-applications/