На коммутаторе тоже дропаются. Не зря там есть команда mtu, которая часто (не скажу всегда, т.к. не уверен) примеряется после перезагрузки.
На сколько я помню, внутри чипа пакет передается в виде ячеек, соответственно, размер пакета определяет количество ячеек и может влиять на внутренние алгоритмы.