Выше уже написали, что нужно сегментировать сеть. Эта задача и стратегическая (будете решать после устранения проблемы) и тактическая (ограничение распространения зловреда).
Сегментировать нужно заменой коммутаторов на управляемые с функционалом vlan, acl, dhcp snooping (на перспективу), loopback detection. Закупить коммутаторов на ~ 6000 портов можно одним днем (это порядка 120 коммутаторов доступа не считая агрегацию и маршрутизатора). Выйдет все же дешевле финансовых и имиджевых потерь от простоев.
Как именно нужно сегментировать - можно определить только по месту. Может быть сразу отсечь сегменты, не занятые в оперативной деятельности компании, отправив туда 1-2 человек для зачистки антивирусом, а основные силы бросить на приведение в порядок сети. Может быть есть смысл "заблокировать всё" и открывать доступ к тем или иным ресурсам по мере возникновения проблем. Из 15 админов на месте можно оставить 5, а остальных (35) отправить разбираться у кого чего не работает. Все общение должно быть сведено к:
- Володя, это Сёмен, IP адрес 10.156.2.25, MAC-адрес заканчивается на 13-AC-F4 нужен доступ к 10.43.1.67, это рентген в кабинете 523
- Готово проверяй
- Да, есть, сделай тоже самое для XXX, YYY, ZZZ...