Единственный способ что то обезопасить - это шифровать на стороне клиента.
Как только к удаленному серверу кто то другой имеет рут доступ, никакие иные способы шифрования данных на нем перестанут быть надежными, потому что можно подменить логику этого шифрования или логику получения ключа шифрования или банально подсунуть трояна в контекст пользователя и читать уже расшифрованные файлы
Простейший пример реализации шифрования - это монтирование .vhdx диска по сети (должно работать даже с webdav и точно работает с smb), с шифрованием ntfs (не требует никакого дополнительного ПО на windows, и будет работать даже на home версиях). Недостаток - низкая надежность (если связь будет потеряна на некоторый срок во время записи) или низкая скорость (можно отключить кеширование записи, это защитит данные но скорость упадет драматически), достоинство - зашифрованные данные доступны как обычный диск.
Если плюшки не нужны а нужна скорость, то создавай архив данных и отсылай зашифрованным на лету с помощью openssl прямо в командной строке
tar -cf - /путь/к/данным | openssl enc -aes-256-cbc -salt -pbkdf2 -pass pass:ВашПароль | ssh пользователь@хост "cat > /путь/на/сервере/архив.tar.enc"