Если потом скорость всё же восстанавливается, вангую, что файл тупо прописывается нулями. Проблема та же, что и «Диск перегружен» в µTorrent. Лечится назначением прав на обслуживание тома (вроде бы) пользователю, от которого запускается qBittorrent, либо запуском от администратора.