Ну, у нас используется Nakivo Backup & Replication. Сейчас его не купить, да и саппорт там просрочен, но работать он работает - бэкапит виртуалки, а также bare-metal винду и линуха.
Древние системы как правило нужно сбэкапить один раз - туда никто обычно не вносит изменений. Для этого обычно она останавливается, винт вынимается и на нормальной машине делается его тупой посекторный образ через dd, котоый потом жмется bzip2. Потом при желании такой образ можно сконвертить в виртуальный диск для VBox например, для ESXi...
Я таким образом например бэкапил FreeBSD, поставленную мной же, но... в 2006 году :) (А нужна она - не поверите - запускать эмулятор Netware, который в свою очередь нужен для запуска набора тестового софта, написанного в начале нулевых, исходники ессно утеряны, софт работает под DOS).