Ext4 создаёт таблицу inode'ов, эта таблица занимает несколько процентов от самого диска. Сколько конкретно сказать сложно, mkfs.ext4 вычисляет этот размер по какому-то своему алгоритму. Но этот размер можно зафиксировать через параметр -N для mkfs.ext4. Идиотские 5% можно тоже отключить через параметр -m (или после создания фс утилитой tune2fs). Например:
truncate -s1g /tmp/disk
mkfs.ext4 -Fm0 -N10000 /tmp/disk
в файловой системе можно будет создать всего 10000 файлов
А можно использовать xfs там проще и нету идиотских пяти процентов.