Сервер какой ?
По хорошему на сервере raid в зеркале , чтоб если сдохнет диск работа не остановилась и куда-нибудь в сеть делать бекапы по ночам.
Вам нужно средство которое после первого копирования, которое будет идти долго, потом будет делать только бекап изменений.
Если нужна история чтобы вытащить файл на определенную дату то вам ещё нужно делать снапшоты. Это можно делать как написано выше.
Мы использовали rsync, но есть много других инструментов для бекапа.