флешка и ssd, по сути оба класса устройств одно и тоже - твердотелые накопители, но так устоялось что флешки это медленные и дешевые устройства, часто с небольшим объемом, подключаемые по usb, без таких фишек как trim и диагностика по smart.
А ssd это более быстрое и емкое полнофункциональное устройство, очень часто с подключением не по usb, а значит для работы использует отдельный контроллер (может вносить тормоза), я встречал такой usb контроллер, что понижал возможности устройства (sata команда trim) что негативно сказывается на возможности внутреннего контроллера оптимизировать работу, а так же закрывало доступ к smart
Т.е. подключая нормальный ssd по usb ты понижаешь скорость его работы (и незначительно уменьшаешь срок его службы).
Еще подключение по usb для windows - это отдельный класс устройств removable device, с такими дисками система работает немного по другому, например нельзя разместить файл подкачки (помню в windows 8 был какой то специальный механизм оптимизации работы с оперативной памятью именно на флешках, не уверен что он остался).
-----------------
Рекомендую. файловую систему exfat, она проще и быстрее (разрабатывалась для ssd). Но есть программы, использующие sparse files для эффективного хранения огромных разряженных матриц (визуально огромный файл физически занимает место ровно столько, сколько реально данных в него записали), так вот у exfat как я помню поддержки таких файлов нет а у ntfs есть. Понять заранее это можно либо из документации (маловероятно) либо провести эксперимент.
Я не встречал программ, которым бы не понравилось работать с usb устройства, обычно все они не обращают внимание где хранятся. Но возможна ситуация, когда вставляя несколько разных usb устройств система будет назначать разделам разные буквы, т.е. пример - ты вставил первый раз диск, ему назначили букву D:, ты установил программу, затем извлек диск, вставил другую флешку, которой система выдала ту же букву D:, затем ты вставил первую флешку с программой и система выдаст ей другую букву, например E: и уже запустить установленное приложение из прежнего места не получится, нужно переустанавливать.
Для решения таких проблем есть portable версии программ, далеко не для каждой это можно сделать. так же можно принудительно назначить своей флешке другую букву, подальше, например Z:, windows это запомнит и в следующий раз выдаст ту же букву.
p.s. очень важно для такого диска извлечение с предварительным использованием одноименного меню в ОС, т.е. сначала выбираешь безопасное извлечение и только потом, когда выскакивает уведомление, отключай устройство физически. Иначе можно получить кучу проблем и потерю данных.