clonezilla (есть как загрузочный диск так и стандартный пакет в linux)
Универсальный инструмент, умеет работать как с linux файловыми системами так и windows ntfs/exfat/fat32 (он использует утилиту partclone), автоматически скопирует как mbr и подправит таблицу разделов и главное максимально эффективно (быстрее чем dd, потому что пропускает свободное место) склонирует диск
Есть проблема, возможна ситуация (редко), когда из-за фиксированного размещения таблицы ntfs mfat, возможности по уменьшению раздела будут ограничены, даже при наличии свободного места, тогда единственный способ корректно перенести раздел с системой будет backup-restore средствами windows (только он корректно переносит права доступа, символические ссылки и прочее)
Еще одна проблема, ее может породить стандарт EFI (иногда не требуется), потребуется обновить информацию о загрузочных записях об ОС в биосе, запустив соответствующие утилиты, для windows - инструменты восстановления установочного компакт диска, а для linux переустановкой загрузчика (скорее всего grub) или вручную с помощью efibootmgr