Хочется, чтобы при небольших изменениях контента в Git-репозитории тоже были небольшие (по размеру) изменения.
Атомарная единица версионирования в Git - это файл. Изменения в разных файлах никогда не приводят к конфликту на уровне Git (это может быть конфликт на уровне структуры самого приложения, но Гита это вообще никак не касается). Изменения в одном и том же файле в разных ветках приводят к конфликту в момент слияния, который Гит может иногда разрулить сам, например если файл текстовый и изменения далеко друг от друга, а может и не разрулить.
Если вы хотите какие-то элементы данных рассматривать независимо (например страницы Вики), кладите их в разные файлы, желательно текстовые.
Посмотрите как Wiki реализована на Гитхабе - это ж тоже просто гитовая репа, где каждая статья - отдельный файл.