Возможно отключить некоторые инструкций процессора?
На x86 с виртуализацией -- да, возможно. Но не для произвольных инструкций, а только для тех, для которых это предусмотрено разработчиками. А кроме того…
отключить инструкций процессора отвечающий за скорость майнинга
…для майнинга используются те же инструкции, что и для воспроизведения видео, и проигрывания музыки, и просто арифметики. Невозможно глядя на отдельно взятую инструкцию сказать: "ага, тут происходит майнинг".
умеют ли программы виртуализации такое проворачивать?
qemu например умеет ограничивать набор инструкций доступных внутри виртуальной машины управляя флагами CPUID,
см.