Если у Вас один-три сервера, скорей всего, Docker Вам не нужен. В этом случае для управления конфигурацией лучше используйте
ansible.
Потребность в Docker возникает либо в случае когда нужно расшарать одно окружение на множество машин, например, у меня и моих коллег сейчас девелоперское окружение(php + apache + mysql + redis) крутиться на контейнерах. Второй пример - нужно настроить динамическое горизонтальное масштабирование. Этот вариант Вам нужно рассматривать, только если Вы используйте AWS или что-то подобное.
В целом, docker / ansible / chef / puppet и т.п. Вам нужны только в случае, если нужно шарить одно окружение на разные машины, причем часто, с уверенностью что оно везде одно. Другого примера использования придумать не могу.