Все можно сделать.... (как бы странно это не звучало....)
1. Нужно составить схему архитектуры, создать список классов и их методов, функций и т.д..
2. Наложить файлы на архитектуру, чтобы понимать где что делается.
3. Затем, рефакторинг архитектуры и кода (если необходимо и есть время).
Продолжать работу.
PS: не очень приятная работа, однако без неё однозначно всё встанет в ближайшем будущем на этом решении без необходимого понимания и документации разработчика.