Не работает ваш код потому, что, допустим при i==3 вы удаляете элемент. Теперь элементом по индексу i будет следующий за удаленным элемент. Вы его не проверите и в конце итерации i увеличится на 1. Таким образом, следующие за удаляемым элементом вы просто пропустите.
Есть много способов исправить эту оплошность:
1) При удалении уменьшайте i на 1, чтобы следующее i++ от цикла for было отменено.
2) Вместо цикла for используйте while, где вы инкрементируете i только если элемент не удаляется.
3) Вместо if используйте цикл while, который удялял бы элемент в позиции i, пока его надо удалять (не забудьте проверить, что элемент, таки, существует - вы могли удалить последний элемент и i станет за границей массива).
4) (лучший вариант) Используйте
remove. Мало того, что вам не надо изобретать велосипед, так этот метод еще и будет на порядок быстрее удаления по одному элементу. Потому что при каждом удалении у вас сдвигается часть массива и вы получаете квадратичное время работы на ровном месте.
