Сертификат поможет только в случае если ваше приложение действительно чистое И(!!!) тот же центр сертификации не выдавал сертификаты для подписывания говнософта. Добавить сертификат в антивирусные базы, поскольку им подписывались дрянные приложения, очень просто. Равно как и вылететь из доверенных центров сертификации.