make install
это выполнить цель install в мейкфайле. Обычно это значит распихать файлы приложения в систему из каталога где собиралось приложение. Плохо это тем что пакетный менеджер (dpkg и надстройки вроде apt) ничего не узнает об этих файлах и установленном приложении. Т.е не будет ругаться на попытку установить то же приложение, не знать об необходимых зависимостях и другие неприятности.checkinstall
это утилита которая выполняет тот же make install но отслеживает все изменения файловой системы и потом их собирает в дебку или другой файл для пакетного менеджера и устанавливает ее. Зависимости все равно будут отсутствовать.