А разве в один проход невозможно применить сразу 3 фильтра?
Сейчас большую часть времени занимает енкодинг который выполняется аж 3 раза. Мало того что это долго, еще и доп потери идут.
ImVeryStupid, это всего лишь значит, что команда написана не верно.
Я, к сожалению, не не постиг дзен по написанию сценариев для ffmpeg и не могу подсказать как нужно правильно...
Еще я бы на вашем месте больше контролировал енкодинг. Сейчас вы кодек, пресеты и битрейт оставляете на откуп внутренней логики ffmpeg'а.