Если именно проксировать, а не поднимать туннель внутри которого уже как-то по разному роутить пакеты, то тогда никак - это надо настраивать в каждой программе отдельно через её собственные настройки, тк прокси - это L7.
То что винда предлагает у себя в настройках включать - это распространяется только на какие-то системные виндовые службы и internet explorer (и вроде ещё на http.sys, но это не точно)
